Raudteelõigud kulgevad Harju maakonnas Kiili, Rae ja Saku valdades ning Rapla maakonnas Rapla ja Kehtna valdade territooriumil. Lisaks rööbasteedele väljastati ehitusluba ka näiteks Soo tee raudteeviaduktile ning Kuusiku, Raela ja Kiisa ökoduktidele.
Eestis on kavandatud Rail Balticu pikkuseks 213 kilomeetrit, millest kokku on TTJA väljastanud ehituslubasid põhitrassile 66,5 kilomeetri ulatuses.
